Matěj Kratochvíl vystudoval hudební vědu a etnologii. V současné době je vědecký pracovníkem oddělení etnomuzikologie a etnochoreologie Etnologického ústavu Akademie věd ČR. Svůj badatelský zájem dělí mezi výzkum historických pramenů lidové hudby českých zemí a současné proměny hudebních tradic, ať již v ČR, nebo mezi českými komunitami v USA. Je autorem knihy Vy havíři umouněný, co vy z toho máte... Výzkum hornických písní na Kladensku v letech 1953–1959 v kontextu dobové vědy a politiky (Etnologický ústav 2022) a spoluautorem Tíha a beztíže folkloru. Folklorní hnutí druhé poloviny 20. století v českých zemích (Academia 2021). Přednáší na Filozofické fakultě a Fakultě humanitních studií Univerzity Karlovy a na New York University Prague.
Dlouhodobě se věnuje též hudební publicistice se zaměřením na soudobou vážnou hudbu a související oblasti. Byl šéfredaktorem časopisu HIS Voice v letech 2004–2015 a dodnes se podílí na jeho elektronické podobě.