Peter Machajdík se narodil v Bratislavě, ale posledních dvacet let žije mimo Slovenska. Z estetických důvodů nebyl v 80. letech přijat na bratislavskou hudební Akademii, co posílilo jeho umělecké aktivity, za které získal ještě za socialismu cenu na mezinárodní soutěži elektroakustické hudby Luigi Russola v italském Varese a v roce 1992 prestižní stipendium pro umělce Berliner Künstlerprogramm des DAAD. Po rozdělení Československa a nástupu ‚mečiarismu’ zůstal v Německu, kde se stal postupně Artist-in-Residence ve městech Worpswede, Wiepersdorf a Ahrenshoop. V roce 2011 dostal stipendium Mezinárodního visegrádského fondu a působil v Praze. V roce 2005 obdržel na Slovensku Cenu Jána Levoslava Belly.
Peter Machajdík spolupracuje s předními interprety soudobé hudby a soundartisty jako je extrémní vokalista a bicista David Moss, Nicolas Collins, Dietmar Diesner, Jon Rose, Michal Rataj, harfenistka Floraleda Sacchi, ale i třeba s bývalým zpěvákem a zakladatelem rockových Yes Jonem Andersonem. Na objednávku vytvořil kompozice pro festivaly Inventionen v Berlíně, Bratislavské hudební slavnosti, Německou akordeonovou asociaci, LakeComo festival, či nadaci Pro Helvetia.
Machajdík byl spoluzakladatelem souboru Transmusic Comp., který se orientoval na uvádění mix-mediálních děl, improvizace a performancí v dřívějším Československu. Peter Machajdík přednáší na vybraná témata v oblasti soudobé hudby, vede workshopy a jako kurátor se podílí na organizaci koncertních cyklů a festivalů jako např. bienále zvukového umění Sound City Days.